i:DSem – Integrative Datensemantik in der Systemmedizin

eine Initiative des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF)

Die Systemmedizin hat sich zum Ziel gesetzt, interdisziplinäre und computergestützte systembiologische Ansätze in die Medizin zu übertragen. Dabei gilt es, eine große Menge an sehr heterogenen Datenbeständen zu homogenisieren und sie inhaltlich quellenübergreifend durch so genannte semantische Metadaten zu beschreiben. Solche Metadaten ermöglichen es, die Bedeutung von Daten – also ihre Semantik – generell, allgemeinverständlich und eindeutig zu definieren. Im Rahmen der Maßnahme „i:DSem – Integrative Datensemantik in der Systemmedizin“ sollen Forschungsvorhaben unterstützt werden, die diesen Ansatz aufgreifen. Über einen Zeitraum von fünf Jahren sollen interdisziplinäre Forschungsprojekte gefördert werden, in denen Medizinerinnen und Mediziner, Systembiologinnen und Systembiologen sowie Bioinformatikerinnen und Bioinformatiker mit Expertinnen und Experten aus den Bereichen Textanalytik, visuelle Analytik, Definition von Benutzerschnittstellen sowie biomedizinische Terminologie und Ontologie zusammenarbeiten.

Im medizinischen Umfeld fallen fortlaufend eine Vielzahl an Datensätzen an. Dazu gehören unter anderem Informationen über Krankheitsursachen und Krankheitsverläufe einzelner Patientinnen und Patienten sowie Patientengruppen, die der Ärztin oder dem Arzt zum notwendigen Zeitpunkt für ihre oder seine Entscheidung über die wirksame Behandlung zur Verfügung stehen müssen. Hierbei handelt es sich insbesondere um klinische und molekulare Daten, die unstrukturiert in unterschiedlichen Formaten und unterschiedlicher Qualität vorliegen. Dies schließt aber auch Primärdaten wie klinische oder experimentelle Mess- oder Lesedaten aus Hochdurchsatzsequenzierungen, die explosionsartig wachsen, ein. Gleiches gilt für Sekundärdaten, wie die Wachstumsraten von biomedizinischen Fakten-Datenbanken und die Produktionsraten von Fachpublikationen und klinischen Berichten zeigen.

Es liegt auf der Hand, dass die notwendige intelligente und computerunterstützte Integration dieser Informationen der Entwicklung neuartiger Instrumente bedarf. Nur so wird es möglich sein, diese enormen und ständig wachsenden Datenmengen für die weitere Forschung und die wirksame Behandlung von Patientinnen und Patienten zugänglich zu machen. Dies ist nach übereinstimmender Meinung der Expertinnen und Experten nach heutigem Stand nur begrenzt möglich: Immer mehr Wissen wird produziert, jedoch steht immer weniger davon für eine intelligente Weiterverarbeitung als problemlösungsrelevante Information zur Verfügung. Diese Probleme konterkarieren zunehmend die ursprünglichen Vorteile der gewünschten Informationszuwächse für die Systemmedizin. Erschwerend kommt hinzu, dass die einzelnen Datenbestände häufig isoliert voneinander aufgebaut und verwaltet werden und somit erhebliche Hürden bestehen, solche Daten transparent über einzelne Datensammlungen hinausgehend zu nutzen.

Die Einreichungsfrist ist verstrichen. Die eingereichten Skizzen befinden sich derzeit in der Begutachtung. PtJ informiert die Antragsteller, sobald die Begutachtung abgeschlossen ist.

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