In Jülich befindet sich der Hauptsitz des Projektträgers Jülich. Hier arbeiten 648 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Umgesetzt werden die Forschungs- und Innovationsförderprogramme in den Themengebieten Lebenswissenschaften, Energie, Werkstofftechnologien sowie die Landesprogramme für Nordrhein-Westfalen.
In Berlin-Mitte befindet sich die Hauptstadtrepräsentanz des Projektträgers Jülich. Hier arbeiten 496 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Umgesetzt werden die Forschungs- und Innovationsförderprogramme in den Themengebieten Umwelt und Nachhaltigkeit sowie Klimaschutzinitiative, regionale Technologieplattformen, Technologietransfer und Unternehmensgründung sowie Schifffahrt und Meerestechnik.
In Rostock befindet sich die „maritime“ Repräsentanz des Projektträgers Jülich. Hier arbeiten 35 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Umgesetzt werden die Forschungs- und Innovationsförderprogramme in den Themengebieten Meeres- und Polarforschung sowie Geowissenschaften.
In Bonn befindet sich die Bundesstadtrepräsentanz des Projektträgers Jülich. Hier betreuen 26 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter unter anderem die Nationale Kontaktstelle (NKS) Umwelt im Auftrag des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF).